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体育教育训练学是体育学中的重要学科，是研究体育教育和运动训练基本理论与方法体系的学科。它以现代教育教学理论和运动人体科学理论为基础，研究体育教育与运动训练的规律，为球类、田径、体操等诸多体育运动项目的教学、训练、科研与管理提供科学指导。该学科肩负着为国家培养高层次体育教育、运动训练人才的重任，与我国教育事业和体育事业的发展关系密切，对于促进我国大、中、小学体育教育教学改革，提高运动训练的科学性，促进全民健身活动的开展，促进国际体育交流等，都具有十分重大的意义。2003年我院体育教育专业被评为江苏省特色专业。2005年体育教育训练学专业被评为南通大学首批重点学科，2005年被国务院学位办增列为硕士学位授权点。
体育教育训练学下设学校体育教育理论、体育学习与锻炼理论、专项理论与实践（田径、健美操、篮球、武术、羽毛球、网球）三个研究方向，现已招收37名硕士研究生并且研究生的招收数量正逐年递增。
该专业师资力量较强，有硕士研究生导师9名，其中教授5人，副教授4人，博士2人。研究成果丰硕，在全国体育教育训练学领域有一定影响。学科利用我院实验与测试中心的先进实验研究条件及学院其他优良的相关教学、科研设备，进行了大量较高水平的研究工作。近年来，共主持研究省厅级以上课题13项；发表论文500余篇，其中核心期刊70余篇；出版专著、编著和主编教材等30余部。11项成果获教育部和江苏省科研成果二等奖、江苏省高等教育教学成果一、二等奖等。